Levada à beira da extinção por “Aragami”, uma raça de monstros que tudo devora, a humanidade faz a sua última resistência em pontos isolados de resistência. Invulneráveis a danos convencionais, apenas armas "Oracle Cell" - compostas da mesma matéria que compõe o Aragami - podem matar essas criaturas. No entanto, devido à sua capacidade divina de adaptação, os Aragami logo desenvolvem mais imunidade. Não tendo outra esperança de afastar o inimigo, os remanescentes dos governos humanos decidem detonar um reator nuclear e exterminar os monstros que enfrentam a Eurásia. Os soldados encarregados desta missão são auxiliados por três "God Eaters" enviados da Fenrir Far East Branch, uma organização que controla o que resta do Japão. As armas de última geração que eles empunham, chamadas de God Arcs, são supostamente capazes de perfurar a pele de Aragami e arrancar seus núcleos, pulverizando os monstros. Estes poderosos guerreiros podem ser apenas a última esperança da humanidade de afastar a ameaça Aragami e evitar a extinção total.